El 1 de junio del 2003, cuando se retiró del fútbol profesional, lo hizo siendo el jugador de Liga Deportiva Alajuelense con mayor cantidad de títulos ganados, 8 centros, en 13 años de militar en la primera división, 11 de esas temporadas vistiendo la camiseta rojinegra.

Delgado, líbero o defensor central, debutó en la primera división el 18 de noviembre de 1990, cuando Juan José Gámez le brindó la oportunidad. Tuvo como maestro dentro del terreno de juego a Hernán Fernando Sosa y junto a Mauricio Montero se constituyó en un inamovible de la zaga liguista.

Representó además el claro ejemplo de esa generación de jóvenes que se dio a partir de 1990 y que le deparó a LDA muchos éxitos, y supo en sus últimos años como jugador guiar a los más jóvenes, trasmitirles el coraje y la garra, pero sobretodo la importancia de vestir la camiseta alajuelense.

Líder indiscutible, se caracterizó porque en la cancha no se complicaba, siempre respondiendo en los momentos en que más lo necesitaba el equipo y también, al igual que Montero, estaba ahí para tomar los penales decisivos cuando era necesario.

Como jugador celebró el título de Campeón de los Grandes de Centroamérica (1995), de la Copa Uncaf 2002 y los nacionales en 1991-1992, 1992-1993, 1995-1996, 1996-1997, 1999-2000, 2000-2001, 2001-2002, 2002-2003.

Participó además en la final de la Concacaf en 1992 y 1999 donde LDA obtuvo la segunda posición.

En las temporadas de 1997-1998 y 1998-1999 militó fuera de la Institución, primero con el Municipal de Guatemala y luego con la Asociación Deportiva Santa Bárbara, para regresar al cuadro que lo vio nacer y donde puso fin a su brillante carrera de jugador activo.

Durante los 13 años en la primera división jugó 391 partidos y marcó 39 anotaciones.

El destino le tenía deparado a Javier Delgado la opción de continuar ligado a LDA, primero como responsable del proyecto de franquicias de Liga Menor, luego director de la Escuela de Fútbol y desde el 1 de marzo del 2004 la dirección técnica del primer equipo, en un momento muy difícil.

Con la llegada de Delgado el equipo mejoró en su accionar en el torneo local y recobró las aspiraciones de luchar por el cetro de la temporada 2003-2004, pero al final la lucha se hizo una tarea imposible.

Pero sí llevó a LDA al título de la Copa de Campeones de la Confederación de Fútbol (Concacaf 2004) cetro que no pudo conseguir como jugador, pero sí como técnico y deparar así el segundo título del área para el cuadro erizo.

Con el cetro ingresó a un registro que sólo muy pocos tienen, deparado quizá para esos grandes liguistas que fueron jugadores y luego técnicos del equipo, porque fueron campeones como jugadores y luego como técnicos: José Luis Solera Oreamuno, Alejandro Morera Soto, Salvador Soto Villegas “El Indio Buroy” y José Luis “Chime” Rojas.